Dosier: Debates contemporáneos en torno a las revistas científicas:
miradas latinoamericanas a problemáticas globales

Marcalyc: software para la marcación XML JATS para las revistas científicas de acceso abierto diamante

1. Introducción

Históricamente, las publicaciones científicas no han podido seguir el ritmo del avance de la tecnología. Ya McKnight (1997, p. 184) apuntaba, desde hace un par de décadas: “hay un cuerpo establecido de investigación relacionada con el diseño de la interfaz de usuario. Sin embargo, los editores han ignorado esta investigación a gran escala, prefiriendo producir revistas electrónicas que dependen de interfaces existentes como Adobe Acrobat”. El autor analizó el éxito de tales interfaces para respaldar tareas comunes de los usuarios, tales como navegar, hojear y leer, concluyendo que es necesaria mayor investigación sobre la aceptabilidad humana.

Así los formatos HTML y PDF fueron adoptados por la industria editorial como las tecnologías para transitar al ámbito electrónico.

Hitchcock, Carr & Hall (1997) justifican este hecho argumentando que dado que el HTML es el lenguaje de formato de la Web y que Postscript era el estándar de facto para copias impresas desde páginas generadas por computadora, era inevitable que los formatos basados en estos estándares dominaran la producción de revistas electrónicas. Adobe desarrolló Acrobat PDF, formato que puede producirse a partir de Postscript para mejorar la transmisión y distribución de documentos, y que incluía la innovación en términos de las capacidades de compresión de archivos para reducir su tamaño. Es así que, desde entonces y hasta ahora, el PDF y el HTML han llegado a dominar la producción de publicaciones en línea.

El lenguaje de marcado de hipertexto, mejor conocido como HTML, es el lenguaje de marcado principal de la World Wide Web (World Wide Web Consortium [W3C], 2018b). Su rápida propagación se debió a la simplicidad de su uso y a la tolerancia a los errores en el etiquetado por parte de los navegadores. Es un lenguaje heredado del SGML (World Wide Web Consortium [W3C], 1995), para expresar formato y enfrentar los retos de presentación en la web.

Sin embargo, tanto el HTML como el PDF, no proveen una forma transparente de procesar el texto completo de las publicaciones científicas ya que combinan datos de formato y presentación con el contenido, de ahí la necesidad de contar con una tecnología que separe el contenido del formato.

El Extensible Markup Language (XML) nace en su primera versión en 1998 (World Wide Web Consortium [W3C], 2018a) como un formato que provee un conjunto de reglas simples y un método uniforme para describir e intercambiar datos estructurados. Permite describir la estructura y semántica, no el formato en el que se presenta la información.

El XML está desempeñando un papel cada vez más importante en el intercambio de una amplia variedad de datos en la Web y en otros lugares (World Wide Web Consortium [W3C], 2016). Es un metalenguaje con el cual se pueden crear otros. Cada lenguaje creado a partir del XML está diseñado para un propósito específico. Estos lenguajes creados hacen uso de vocabularios.

Un vocabulario para XML se expresa a través de un Schema o DTD (Document Type Definition) que formaliza la sintaxis, los conceptos y su jerarquía para ser implementados bajo las reglas del XML, siendo útil además para verificar si un XML está bien construido y con ello garantizar que la información publicada cumpla con las reglas establecidas. Así como ejemplifican Murray-Rust & Rzepa (2006), una <molécula> o un <organismo> deben ser procesados exactamente de la misma forma sin importar el autor, el lector o el software de procesamiento; quien lo implemente debe adherirse a las especificaciones y debe comportarse de una forma predecible.

Entre los vocabularios se encuentran múltiples ejemplos como MathML para expresiones matemáticas; CML, el lenguaje de marcado para química; MusicXML, para música; WML, para aplicaciones inalámbricas; GML para geografía, y muchos más, incluido JATS .Journal Article Tag Suite) para la escritura de artículos científicos.

Los antecedentes de JATS se remontan a los desarrollos del Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI) de la Biblioteca Nacional de Medicina de Estados Unidos (NLM), la cual creó un formato para expresar las citas llamado NLM DTD desde la versión 1.0 hasta la 3.0 publicada en 2008 (National Center for Biotechnology Information [NCBI], 2018).

En 2012, NISO presentó a JATS v1.0 como la adaptación de NLM DTD v3.1, convirtiéndose en el estándar para marcaje de artículos de revista de publicaciones académicas (National Center for Biotechnology Information [NCBI], 2012).

El objetivo del estándar NISO JATS es definir un conjunto de elementos y atributos XML que describen el contenido y los metadatos de artículos de revistas, con la intención de proporcionar un formato común en el que los editores y archivos puedan intercambiar contenido de revistas (National Information Standards Organization, 2015b).

La transición de las revistas científicas en Iberoamérica hacia el XML, en específico al estándar JATS, es muy reciente. Por una parte, SciELO (Scientific Electronic Library Online) promovió el uso de esta tecnología desde 2012, pero comenzó su adopción en la operación de todas sus revistas a partir del año 2015. Las revistas de ciencias de la salud de esta plataforma comenzaron a adoptar la innovación a partir de 2014 (Packer et al., 2014).

Por otra parte, Redalyc (Red de Revistas Científicas de América Latina y el Caribe, España y Portugal),¹ en 2015 se sumó a la adopción del estándar JATS con una estrategia basada en la profesionalización de los editores, proporcionando herramientas y conocimientos para hacer el etiquetado XML un proceso sostenible con el objetivo de mantener la naturaleza académica de las publicaciones científicas de acceso abierto de la región.

El presente trabajo describe la propuesta tecnológica de Redalyc para la adopción del estándar JATS con el formato XML para las revistas de acceso abierto editadas en la región iberoamericana.

2. Metodología propuesta por Redalyc para la edición de publicaciones científicas de acceso abierto de Iberoamérica

La propuesta de Redalyc en torno a la adopción del XML busca contribuir a la sustentabilidad de los proyectos editoriales de acceso abierto de Iberoamérica, dotando al editor de conocimiento y software para llevar a cabo la publicación electrónica. En 2016 Redalyc lanzó la primera versión de Marcalyc, una herramienta de marcación que permite generar archivos XML de acuerdo al estándar JATS, así como generar un conjunto de archivos de lectura en diversos formatos.

La incorporación del modelo de publicación basado en XML JATS ofrece diversas ventajas y otorga valores agregados al producto editorial: reduce el tiempo de procesamiento, da mayor visibilidad a cada artículo en la web, produce diversos formatos de salida (HTML, PDF, ePub) y posibilita la impresión con el formato de la revista (Aguado-López, Becerril-García & Chávez-Ávila, 2016).

Marcalyc utiliza algoritmos e inteligencia artificial para automatizar una parte importante del proceso de etiquetado XML, con lo que ofrece un proceso eficiente donde el usuario supervisa lo inferido automáticamente en lo concerniente a autores, resúmenes, palabras clave, secciones del artículo y, sobre todo, citación.

La adopción de este modelo de publicación trae a las revistas científicas diversas ventajas, entre ellas:

• Cumplimiento de los estándares internacionales de estructuración de artículos científicos.

• Generacion automática de los siguientes formatos de lectura para cada artículo publicado: PDF, ePUB, HTML, visor inteligente y visor móvil.

• Interoperabilidad con Redalyc, SciELO y otras plataformas.

• Aprovechamiento de lectores multiplataforma como el provisto por OJS.

• Interoperabilidad con los agregadores de contenido.

• Retomar el control del proceso y los productos editoriales.

• Garantía de la preservación digital

• Generación automáticamente la versión para impresión.

Marcalyc fue diseñado para que el usuario “marcador” sea un miembro del equipo editorial y no requiere conocimiento informático, con la finalidad de que la institución editora tenga la capacidad de hacerlo in-house y pueda evitar la tercerización que en muchos casos eleva los costos de publicación sustancialmente.

Marcalyc traduce la complejidad que conlleva la aplicación del estándar JATS a una interfaz gráfica simple con las siguientes características:

1. 1. Traducción al español de todas las etiquetas del estándar JATS.
2. 2. Sustitución de la acción “copiar / pegar” por “seleccionar texto/soltar” que minimiza los clics en el etiquetado de cada elemento.
3. 3. Manejo de jerarquía y anidación de etiquetas a través de ventanas.
4. 4. Inferencia automática de los siguientes estilos de citación: ABNT, AMA, APA, ASA, CHICAGO, HARVARD, IEEE, ISO 690 (2007), MLA, NLM y Vancouver.
5. 5. Inferencia automática de metadatos del artículo.
6. 6. Sugerencia automática de etiquetas acorde a la selección del texto.
7. 7. Aparición de atributos de acuerdo a la etiqueta que se esté usando.
8. 8. Separación automática de texto en párrafos.
9. 9. Etiquetado automático de tablas.
10. 10. Editor especializado de fórmulas y ecuaciones.
11. 11. Separación de los tres apartados de JATS: front (metadatos del artículo), back (referencias y suplementos), body (texto completo).
12. 12. Inferencia automática de notas.
13. 13. Detección de falta de relaciones dentro del texto en elementos como menciones a figuras o citas.
14. 14. Detección de errores de marcación a nivel advertencia o error crítico.

El modelo propuesto por Marcalyc conlleva una innovación en la forma tradicional de generar las publicaciones electrónicas. La figura 1 muestra el proceso que generalmente es usado, en el cual, una vez que se concluye la revisión por pares y se obtiene la versión lista para ser publicada el equipo editorial de la revista se encarga de formar la publicación electrónica con algún software como Adobe InDesign© diseñando el formato de salida sujeto muchas veces a la versión impresa aunque la revista ya no se imprima.

A partir del resultado de dicha formación se derivan los productos electrónicos ya sea el HTML o el PDF, heredando las restricciones de la publicación en papel, como imágenes en blanco y negro, enlaces dentro del contenido, paginación, márgenes, ausencia de elementos multimedia como animación, audio o video, entre otras.

Este proceso comúnmente no incluye la publicación de otros formatos que promueven una mejor lectura como el ePUB o el aprovechamiento de tecnologías como HTML5 para obtener formatos adaptativos y responsivos que promueven la portabilidad, ubicuidad y que favorecen la lectura en los dispositivos móviles.

Este modelo tradicional no aprovecha las potencialidades que brinda el contar con el contenido en XML, archivo a partir del cual es posible generar automáticamente formatos electrónicos de lectura, lo que conlleva una elevación del costo de publicación. Además no ayuda a la visibilidad y el descubrimiento de la revista en la Web e ignora los beneficios de las tecnologías de información y comunicación actuales a favor de la accesibilidad, la lectura y el consumo del contenido científico.

El diseño de Marcalyc (mostrado en la figura 2), contempla dos principios fundamentales: 1. Que además del equipo editorial de la revista, el autor pueda participar en el proceso; 2. Que el perfil de usuario de Marcalyc no demande conocimientos especializados en XML o JATS. Estas características permitirán bajar los costos de la edición electrónica de las revistas científicas al brindar la posibilidad que el autor colabore en la generación del XML al momento del envío de la versión final o de que el equipo interno de la revista lo realice evitando la tercerización del proceso.

Con ello Redalyc busca aportar en la sustentabilidad de los proyectos editoriales de acceso abierto, para que permanezcan en manos de la academia y para que eviten implementar modelos comerciales como cobrar por publicar (article processing charges o APC).

En este nuevo modelo se inicia la marcación del XML y a partir de ella se generan automáticamente todos los elementos que componen la revista electrónica como el PDF, HTML y ePUB, inclusive la versión impresa de la revista si es necesaria. El apartado siguiente muestra la implementación de este modelo en el software Marcalyc.

3. Marcalyc, tecnología desarrollada por Redalyc para la marcación XML bajo el estándar JATS

3.1. Descripción general

Marcalyc es una desarrollo de software que funciona en un ambiente web a través de un navegador (Firefox, Chrome, Opera o Safari en sus versiones recientes, no es compatible con Internet Explorer), probado en múltiples sistemas operativos como Linux, MacOS y Windows; no requiere de ningún software o plugin adicional para su ejecución.

1. 1. Los archivos XML son generados bajo el conjunto de caracteres Unicode.
2. 2. MathML, para expresar e intercambiar información matemática.
3. 3. XLink, usado para enlazar recursos en la web.
4. 4. JATS (National Information Standards Organization, 2015a).

La interfaz de usuario de Marcalyc (Figura 3) fue diseñada para mostrar un área de trabajo permanente (que no abra ventanas o salte a otras aplicaciones o páginas) y consiste en una página dividida en dos paneles y una barra superior. El panel derecho muestra el texto original del artículo, el izquierdo muestra -dividido en tres pestañas- los elementos de JATS. El procedimiento para etiquetar se realiza dando clic en alguna caja del panel izquierdo (equivalente a una etiqueta JATS) y posteriormente seleccionando el texto del lado derecho, al soltar el ratón automáticamente ese texto se copiará en la etiqueta correspondiente.

La barra superior es sensible al contexto de la marcación y mostrará únicamente los atributos y propiedades correspondientes a la etiqueta que se esté marcando, ayudando así al usuario a ubicar tales datos y a evitar errores comunes de la marcación.

3.2. Metodología del proceso de marcación XML

El diagrama de la figura 4 muestra el proceso que un usuario debe llevar para la marcación de un artículo en Marcalyc. En él se identifican básicamente 4 fases:

1. 1. Preparación para la marcación.
2. 2. Marcación de cabecera o front.
3. 3. Marcación de referencias y suplementos finales o back.
4. 4. Marcación de texto completo o body.

En la fase 1 se elige la revista a la que pertenece el artículo a etiquetar y se capturan datos generales del número en el cual fue publicado. En este punto también se recomienda indicarle al sistema el estilo de citación que sigue el artículo, ello con el fin de optimizar los resultados de la inferencia automática. Finalmente, se carga el archivo correspondiente al artículo que se va a etiquetar. Marcalyc requiere que este sea en formato HTML usando la codificación UTF-8, el cual deberá de compactarse en un archivo ZIP junto con sus imágenes en el caso que las contenga.

La marcación de la cabecera del artículo consiste en el etiquetado de los elementos correspondientes a la sección llamada front del estándar JATS, como títulos, autores, afiliaciones institucionales, resúmenes, palabras clave, entre muchos otros. En esta fase 2, el sistema realiza las primeras inferencias para identificar dichos metadatos del artículo y con ello realiza un llenado automático de información en las etiquetas correspondientes para que el usuario verifique y complemente.

En la fase 3 se realiza el etiquetado de referencias, suplementos y apéndices. Como se mencionó anteriormente Marcalyc realiza una identificación automática -basada en expresiones regulares- de los elementos de cada referencia si estas se encuentran estructuradas bajo uno de los estilos de citación que el sistema reconozca. De lo contrario se sigue un proceso de marcación con el método de seleccionar/soltar como en la fase 2.

Finalmente, en la fase 4, Marcalyc realiza automáticamente para la marcación del texto completo la separación del mismo en párrafos, el etiquetado de tablas, identificación de notas, así como la detección de falta de relaciones dentro del texto en elementos como menciones a figuras o citas. Además implementa un editor especializado de fórmulas y ecuaciones que permite codificar dichos elementos con el lenguaje MathML. Dentro de este etiquetado se deben cargar las imágenes del artículo a través de una galería e ir creando los enlaces internos en el artículo, como son, menciones a las referencias, notas, figuras, entre otros.

3.3. Arquitectura de Marcalyc

El sistema de marcación Marcalyc fue desarrollado siguiendo el patrón de arquitectura Modelo-Vista-Controlador, que permite separar los datos y la lógica del negocio de la interfaz de usuario y del módulo gestor de eventos. Para ello se utilizaron diferentes marcos de trabajo JavaEE.

El modelo se construyó utilizando Java Persistence API (JPA), el cual proporciona un modelo de persistencia de la información para generar mapeos de bases de datos relacionales en Java. Para la vista se utilizó Java Server Faces (JSF) junto con JavaScript y CSS, tecnologías que permitieron lograr la interacción entre los paneles. Y el controlador fue desarrollado con Enterprise JavaBeans (EJB) para el manejo de la comunicación entre los módulos.

3.4. Compatibilidad

El archivo XML generado usando la herramienta Marcalyc cumple con las especificaciones del estándar JATS, así se puede verificar haciendo uso del validador del estándar. Ahora bien, Marcalyc genera adicionalmente un archivo XML compatible con JATS for Reuse mejor conocido como JATS4R (JATS4R Group, 2018).

JATS4R, una iniciativa formada por un grupo de trabajo donde participan organizaciones como Crossref, PLOS, eLIFE, Cambridge University Press, entre otras, establece una serie de recomendaciones a seguir sobre el uso del estándar JATS con la finalidad de optimizar la reusabilidad del contenido académico etiquetado con XML JATS y con ello hacer más eficientes los procesos de interoperabilidad, intercambio, almacenamiento y recuperación de información.

3.5. Soporte para licencias Creative Commons

Marcalyc cuenta con las licencias Creative Commons precargadas en el sistema, de tal forma que el usuario seleccione alguna de ellas, con las diferentes combinaciones de las características a configurar para este tipo de licencias, las cuales son: reconocimiento, uso comercial, obra derivada y compartir igual.

De esta forma no solo los archivos XML incluyen esta información, sino que todos los formatos de salida para lectura como PDF, HTML, ePUB, visor inteligente y visor móvil incorporan el código de la licencia y metadatos respectivos, haciendo estos archivos adecuadamente localizables por buscadores de recursos con licenciamiento. Además, incorpora la opción para agregar otro tipo de licenciamiento en caso de ser necesario.

3.6. Generación formatos de lectura

El sistema incluye un módulo de generación de diferentes formatos de lectura que están disponibles en Redalyc pero que también están preparados para ser descargados para que los editores puedan subirlos al sitio web de la revista.

Para la generación de estos archivos se realiza primeramente una transformación XSLT (Extensible Stylesheet Language Transformation) (Refsnes Data, 2018), la cual permite traducir el XML al formato especificado por cada tipo de archivo para visualización de la información. Posteriormente se adiciona código HTML5, JavaScript y CSS junto con rutinas de Apache FOP (Formatting Objects Processor) para generar componentes y eventos que dotan de funcionalidad e interactividad los formatos de salida.

La tecnología de Apache FOP se utiliza en Marcalyc para generar el formato PDF. Apache FOP es un formateador de impresión para objetos XSL (XSL-FO) y un formateador independiente de salida. Es una aplicación Java que lee un árbol de objetos de formato y procesa las páginas resultantes a un resultado específico (Apache Software Foundation, 2016). Es así como cada artículo marcado en Marcalyc genera los siguientes seis formatos de salida: XML JATS (cumpliendo la especificación JATS4R), PDF, HTML, ePUB, Visor inteligente de artículos y Visor móvil de artículos. La tabla 1 resume las principales características de ellos.

4. Resultados

La estrategia de Redalyc para la transición hacia esta tecnología ha sido bajo dos vertientes:

1. 1. Desarrollo de Marcalyc y profesionalización de editores, para dotar a las revistas de un sistema de marcación que abone a la sustentabilidad de la revista y transfiera conocimiento a los equipos editoriales.
2. 2. Importación de archivos XML JATS que los editores hayan generado con herramientas distintas a Marcalyc como SciELO u otras, siempre que cumplan con el estándar JATS. Con ello, se busca evitar que la revista realice una marcación más y se aprovecha lo que ya haya trabajado para otras plataformas. Esta opción obliga a Redalyc a realizar un procesamiento adicional que toma el 200% del tiempo de lo que toma procesar un archivo generado por Marcalyc, tanto en recursos humanos como informáticos. Este costo adicional lo asume Redalyc en aras de contribuir a la sustentabilidad de las publicaciones de acceso abierto de la región.

A la fecha, 1082 revistas indexadas en Redalyc han transitado al XML JATS a través de las estrategias descritas, 429 haciendo uso de Marcalyc y 329, de forma híbrida, con Marcalyc y enviando de manera complementaria sus archivos XML JATS realizados en otras plataformas.

Además, 324 revistas envían sus archivos XML JATS que han sido generados con otras herramientas y son procesados por Redalyc, lo que implica acciones adicionales por parte del equipo interno de Redalyc para importar los XML realizados con otros sistemas. Ejemplo de estas implicaciones son:

• Se asigna a cada artículo las claves correspondientes al identificador de la revista y del número, es decir, no se le pide al editor que incluya ningún dato relacionado a Redalyc.

• Se verifica el ISSN, así como la nomenclatura de volumen y número de la revista.

• Se comprueba la existencia de las figuras mencionadas en el XML.

• Se corrigen errores de marcación (por ejemplo: marcación de notas a pie de página o información de financiamiento).

• Se pasa cada XML por los validadores del estándar JATS y la recomendación JATS4R.

Marcalyc brinda un servicio totalmente gratuito a través de un modelo cooperativo, donde Redalyc brinda la tecnología y la capacitación y los editores realizan el proceso de marcación. Un trabajo colaborativo que ayuda a la sostenibilidad de las revistas de acceso abierto diamante.

Conclusiones y trabajo futuro

Con el desarrollo de Marcalyc y la estrategia de apoyo a las revistas científicas de acceso abierto diamante en su transición al XML JATS, Redalyc ha logrado beneficiar a cientos de revistas editadas por otro tanto de instituciones, fortaleciendo sus equipos editoriales internos y absorbiendo los costos del desarrollo y el mantenimiento de esta tecnología, para que los editores no tengan que subcontratar la marcación XML JATS, una acción a favor de las revistas científicas de acceso abierto diamante.

La adopción del XML JATS ha representado un reto para las revistas científicas en general, ya sea del ámbito comercial o académico. Por un lado, debido a que las instituciones editoras no han desarrollado las competencias necesarias para una plena transición digital de las revistas científicas. Por otro lado, aún no es reconocido el potencial de uso de estas tecnologías para la visibilidad y capacidad del contenido científico de ser descubierto y aplicado, para la sostenibilidad de la actividad editorial, eficiencia y costos de producción de revistas y para la evolución de la cultura evaluativa alrededor de las revistas científicas.

El XML JATS abre un campo de estructuración de datos para ir más allá de las métricas basadas en citación para valorar la producción científica. Más aún, permite entender la estructura de composición del tejido científico y es en esta justa medida que su aportación debe ser valorada y su implementación debe ser promovida.

Referencias

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Notas